La fauna è caratterizzata dalla presenza come nidificanti di ardeidi gregari quali la nitticora, Nycticorax nycticorax, e la garzetta, Egretta garzetta, con circa 200 coppie nidificanti (rispettivamente nel 2004, 71 e 130 coppie) che rappresentano una importante parte della popolazione riproduttiva di queste specie in ambito regionale; abbondanti gli aironi cenerini, Ardea cinerea, che superano le 200 coppie e l’airone guardabuoi, Bubulcus ibis, con 13 coppie nel 2004.

Delle 9 specie di Anfibi e delle 11 di Rettili segnalati per la Provincia di Lodi, nella Riserva vivono 6 specie del primo Gruppo: Rana latastei, Triturus carnifex, Triturus vulgaris meridionalis, Hyla intermedia, Bufo viridis e Rana sinklepton “esculenta” e 7 specie appartenenti al secondo: Emys orbicularis, Coluber(Hierophis) viridiflavus, Natrix tessellata, Natrix natrix helvetica, Lacerta bilineata, Podarcis muralis ed Anguis fragilis. La popolazione di Rana latastei è tra le principali per numerosità conosciute in Lombardia.

Interessanti le presenze di Pesci quali Cobitis taenia bilineata, Sabanejewia larvata, Alburnus alburnus alborella, Knipowitschia punctatissima e Rutilus erythrophtalmus, di numerose specie di Insetti tra cui il raro Lepidottero Licaena dispar rutilus.